Cerita di mulai ketika penyerangan yang di lakukan oleh
seorang ilmuan reploid bernama Doppler menyerang Maverick Hunter Base Hight
Quarter (HQ). Zero & X datang untuk menghentikan penyerangan tersebut.
Tetapi salah seorang anggota Maverick Hunter yang bernama Mac berhianat dan
bekerja untuk Dopler sebagai mata-mata. Ia juga sempat menyandra X untuk di
jadikan sebagai Maverick tetapi di gagalkan oleh Zero.
Selanjutnya X menyelidiki kebenaran di balik penyerangan doppler
terhadap maverick hunter dengan menyerang ke beberapa titik yang di duga
sebagai tempat dopler. Ia juga menyuruh bit &byte untuk menangkap X
hidup-hidup di karenakan dopler tertarik dengan mekanisme X. Disisi lain doppler
juga menghidupkan kembali vile dan menjadikanya sebagai anak buahnya.
Diam diam vile memasang beberapa portal jebakan di beberapa
markas doppler. Dan X masuk kedalam salah satu jebakannya. Namun bukan
keberuntungan yang di dapatkan Vile tetapi kematian lah yang di dapatkan karena
sudah di kalahkan untuk kedua kalinya oleh X.
Kemudian X juga berjumpa dengan bit & byte namun mereka
kabur saat mereka hampir di kalahkan oleh X. Selang beberapa saat, Dr.Chain
memanggil X & Zero ke maverick hunter base dan menunjukan markas rahasia
Dr.doppler dan mengindikasikan bahwa dr.chain menganalisis bahwa doppler
membuat sebuah prototype baru yang tidak cocok dengan tubuhnya. Tanda tanya
besarpun tercipta disini. X menduga bahwa prototype tersebut adalah tubuh baru
untuk sigma. Namun tidak mungkinkarena dia sudah mengalahkan sigma sebelumnya.
Tanpa berdiskusi lagi mereka kemudian mereka menuju markas
pusat dimana doppler berada. Di lantai pertama mereka bertemu dengan bit &
byte yang sudah bersatu namun mereka di kalahkan oleh X. Kemudian mereka menuju
kelantai 2, namun Zero telah mengalami cedera parah yang mengharuskannya untuk
kembali ke maverick hunter base namun Zero meninggalkan Z-sabernya kepada X. Di
lantai 3 ia bertarung melawan Dopler. Dopler sempat menawarkan X kesempatan
untuk bergabung dengannya namun X menolak tawaranya dan mereka berdua bertarung
sangat keras hingga doppler menyerah pada X dan mengatakan bahwa dia membuat
sebuah tubuh baru untuk sigma di bawah laboratorium rahasianya.
Kemudian X menuju tempat yang di maksud doppler yaitu di bawah
laboratorium rahasianya. X kemudian bertarung melawan sigma, di akhir sesi X
sempat terpojokan oleh virus sigma yang berbentuk hologram. Namun usaha
tersebut di gagalkan oleh doppler yang mengorbankan dirinya menghisap virus
sigma dengan tubuhnya. Di akhir akhir kehidupannya ia meminta maaf pada x telah
membuat kerusakan kemudian laboratorium doppler hancur karena auto explode dan
kemudian X pergi meninggalkan doppler yang sudah meninggal